Ülkemiz, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesinin denetim sürecine bireysel başvuru hakkını 1987 yılında, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesinin zorunlu yargı yetkisini ise 1990 yılında kabul etmiştir.

Avrupa İnsan Hakları Mahkemesine yapılan başvurularla ilgili savunma süreci Dışişleri Bakanlığı tarafından yürütülmüştür. Bununla birlikte bu görevin Adalet Bakanlığı tarafından yürütülmesi gerektiği yönünde çeşitli öneriler yapılmıştır.

Adalet Bakanlığı 2010–2014 Stratejik Planında, “2011 yılı sonuna kadar, AİHM nezdinde Türkiye ile ilgili davalara ilişkin görevlerin Bakanlığımız tarafından üstlenilmesi konusunda çalışma yürütülmesi” şeklinde bir hedef yer almıştır.

Belirlenen hedef doğrultusunda, 3 Haziran 2011 tarihli Bakan Oluru ile Bakanlığımız Uluslararası Hukuk ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü bünyesinde İnsan Hakları Daire Başkanlığı kurulmuştur. 

26 Ağustos 2011 tarihli ve 650 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 2992 Adalet Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamenin Değiştirilerek Kabulü Hakkında Kanunun 13/A maddesine eklenen 2. fıkra ile Daire Başkanlığının görevleri ve statüsü yasal olarak da belirlenmiştir.

Adalet Bakanlığı ve Dışişleri Bakanlığı arasında 14 Kasım 2011 tarihinde imzalanan ve 1 Mart 2012 tarihinden itibaren yürürlüğe giren  "Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi Önündeki Savunmalar ile Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi Kararlarının İcrasına İlişkin İşbirliği Protokolü” ile AİHM savunmalarının hazırlanması ve AİHM kararlarının icrasına ilişkin görevlerden dış politikayı ilgilendirenler haricindeki görevler Bakanlığımızca üstlenilmiştir.

Öte yandan, 23 Eylül 2012 tarihi itibariyle Anayasa Mahkemesi bireysel başvuruları kabul etmeye başlamıştır. 6216 sayılı Anayasa Mahkemesi'nin Kuruluşu ve Yargılama Usulleri Hakkında Kanun'un 49. maddesinde, bireysel başvurunun kabul edilebilirliğine karar verilmesi halinde, başvurunun bir örneğinin bilgi için Adalet Bakanlığına gönderileceği, Bakanlığın ise gerekli gördüğü durumlarda görüşünü yazılı olarak Anayasa Mahkemesine bildireceği hükme bağlanmıştır. Bakanlığımıza verilen bu görev de İnsan Hakları Daire Başkanlığına tevdi edilmiştir.

Bu defa, 25 Ağustos 2017 tarihli ve 694 sayılı KHK'nın 80. maddesi ile 2992 sayılı Teşkilat Kanununa eklenen 13/C maddesiyle, İnsan Hakları Dairesi Başkanlığı, Bakanlığımız ana hizmet birimi olarak yeniden teşkilatlandırılmıştır. 

Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemine geçişle beraber Başkanlığımız, 1 nolu “Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi”nin 49. maddesinde Bakanlığımız hizmet birimleri arasında sayılmış ve görevleri belirlenmiştir.